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Il modesto palazzo ove ha sede il museo fu realizzato tra il 1890 e il 1893 dall'architetto tedesco Ernst Ziller, giunto in Grecia su invito del re Ottone I e attivo soprattutto ad Atene. L'edificio accolse il consolato greco presso la Sublime Porta e nel 1978 fu trasformato in museo. I consoli furo
no molto attivi in operazioni di spionaggio finanziando e armando elementi della comunità greca con il fine di preparare l'annessione della città al regno di Grecia e anche di battere sui tempi l'antagonismo della Bulgaria che rivendicava anch'essa la città di Salonicco. Per non dare nell'occhio al servizio di controspionaggio ottomano che sorvegliava di continuo il consolato i Greci di Salonicco e dei villaggi [[Macedonia (Grecia)|circostanti]] entravano nella vicina chiesa ortodossa (mitropoli) per poi passare in un cortile che comunicava con il consolato tramite una porticina camuffata. Seguivano all'interno gli incontri con il generale Kostas Mazarakis che operava sotto falsa identità di impiegato. Altri raccoglievano la posta che poi veniva distribuita di villaggio in villaggio in tutta la [[Macedonia (Grecia)|Macedonia]] grazie alla connivenza di impiegati (greci) delle ferrovie. La stanza del console Lambros Koromilas di cui le autorità ottomane chiesero l'allontanamento nel 1907 è stata conservata con gli arredi originali.
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